Российская АМС, была выведена в ОКП 08.11.2011. После выведения АМС на промежуточную орбиту включение МДУ не произошло. После неудачных попыток восстановления работоспособности КА «Фобос-Грунт» стало ясно, что объект останется на снижающейся околоземной орбите и через определенное время упадет, в связи с чем, было принято решение об организации работ по контролю схода с орбиты данного объекта и Распоряжением Роскосмоса была создана специальная оперативная группа (ОГ) для выполнения этих работ. Головная роль в этой группе отводилась баллистическому подразделению ЦУП ЦНИИмаш. В этом подразделении была организована работа по регулярному оперативному определению параметров движения КА и прогнозу времени и места его падения. Получаемые результаты оперативно передавались в Роскосмос в согласованных форматах.

Активность баллистического обеспечения полета КА «Фобос-Грунт» возросла с начала открытия тестовой кампании МККМ по сопровождению схода с орбиты этого объекта.
Это произошло 2 января 2012г. Ежедневно получалось от одного до нескольких решений указанной баллистической задачи. Участие ЦУП ЦНИИмаш, как головной организации от Роскосмоса, в параллельно проводимых работах в рамках международной тестовой кампании МККМ давало возможность использовать не только официальные данные от NASA, но и дополнительную измерительную информацию по КА «Фобос- Грунт» от других источников, в том числе, от CNES (Франция), DLR (Германия), ESA; а также сверять получаемые в ЦУП результаты прогноза падения КА с результатами других участников тестовой кампании. Всего в тестовой кампании по КА «Фобос-Грунт» приняло участие 11 космических агентств – членов МККМ.
За период с 02.01.2012 г. по 15.02.2012 г. в ЦУП ЦНИИмаш было получено 30 официальных решений по определению параметров движения и прогнозу падения КА «Фобос-Грунт». Полученные данные использовались для информационного обеспечения Роскосмоса по осуществляемому контролю схода с орбиты КА, а также предоставлялись по согласованной схеме другим заинтересованным организациям. Указанные решения баллистических задач передавались также в базу данных МККМ по принятым правилам и технологиям информационных обменов между участниками тестовых кампаний. Особенно напряженной работа по баллистическому сопровождению схода с орбиты КА «Фобос-Грунт» стала в последние двое суток его полета по орбите перед падением. В этот период ЦУП ЦНИИмаш располагал измерительной информацией, поступавшей от ЦККП МО РФ, NASA, CNES, DLR и ESA. При оценке возможных разбросов во времени и месте падения КА использовалась соответствующая информация, поступающая из ЦККП МО РФ, 4ЦНИИ МО РФ и ИПМ РАН. Последнее решение с прогнозом падения КА «Фобос-Грунт», полученное примерно за 1 час до прекращения его полета, давало время падения 15.01.2012, 21час.59мин. по московскому времени. Район падения КА, соответствующий этому времени приходился на Бразилию. Данное решение было помещено также в базу данных МККМ как последнее решение от российской стороны.
Для определения наиболее вероятного времени и района падения КА «Фобос- Грунт» в ЦУП ЦНИИмаш был выполнен специальный послеполетный анализ. Была тщательно проверена вся имеющаяся измерительная информация, поступившая в ЦУП от разных источников. Было реализовано большое количество разных вариантов определения заключительной орбиты КА при использовании разных составов измерений. Поскольку основной вклад в неопределенность результатов прогноза времени падения КА вносили неточности используемой модели атмосферы в математической модели движения космического аппарата (при уже известных входных параметрах солнечной и геомагнитной активности), то реализовывались варианты решения баллистической задачи с разными моделями атмосферы. В числе этих моделей были:
1. Американская модель Jaccia (1973 года)
2. Советская модель ГОСТ-1990 (1990 года)
3. Американская научная модель NRL MSISE-00 (2000 года)
4. Российская модель ГОСТ-2004 (2004 года).
Из всех рассмотренных моделей атмосферы наиболее адекватными, в плане согласования измерений были признаны модели ГОСТ-2004 и NRL MSISE-00. Контрольное решение задачи с использованием модели атмосферы ГОСТ-2004 давало время центральной точки падения КА 15.01.2012, 21:58 мск, что фактически подтверждало последнее официальное решение, полученное в ЦУП за 1 час до падения объекта, а контрольное решение с использованием модели атмосферы NRL MSISE-00, давало время падения КА 15.01.2012, 21:41 мск, отличающееся от времени, полученного с использованием модели ГОСТ-2004, на 17 минут. Поскольку обе указанные модели позволили получить одинаково «хороший» результат решения баллистической задачи, то отдать какому-либо решению предпочтению было непросто. Однако выбор был сделан в пользу варианта, в котором использовалась отечественная модель атмосферы ГОСТ-2004. Как правило, в тестовых кампаниях МККМ по «падающим» космическим объектам (КО) для окончательной оценки параметров падения сходящих с орбиты КО используются результаты определения времени и координат точки прохождения КО высоты Н~80 км, предоставляемые Стратегическим командованием США (USSTRATCOM). При этом при решении этой задачи в USSTRATCOM применяются разные методы и технологии, но основным является засечка характерных явлений (вспышки), происходящих с входящими в плотные слои атмосферы КО, фиксируемых специальными средствами контроля космического базирования. В случае успешной фиксации подобных событий соответствующая информация о прохождении КО высоты Н~80 км достаточно быстро – в пределах от одного до нескольких часов – передается в штаб-квартиру МККМ, расположенную в Центре космических операций (ESOC) ESA в Дармштадте (Германия). Однако в случае с КА «Фобос-Грунт» быстрого ответа от USSTRATCOM о фактическом времени и месте прохождения разрушающимся аппаратом высотного уровня 80 км не произошло.
Последними данными от USSTRATCOM о падении КА «Фобос- Грунт» достаточно долго оставались результаты прогноза, датируемые этим ведомством от 15.01.2012, 15:30 UTC, которые определяли окно падения КА как период времени с 16:59 по 17:47 UTC 15 января 2012 года. Через 10 дней после падения КА «Фобос-Грунт» − 25 января 2012 года USSTRATCOM предоставил данные об окончательном определении параметров прохождения аппаратом высотного уровня 80 км, на основании которых было определено время достижения КА стандартного уровня высоты Н ≈ 10 км. Это время соответствовало моменту t = 15.01.2012, 17:53 UTC и было принято в качестве официального времени падения КА «Фобос-Грунт» в тестовой кампании МККМ по данному «падающему» объекту.